Википедия:Кандидаты в хорошие статьи/18 мая 2018

Кандидаты в хорошие статьи На этой странице обсуждаются кандидаты в хорошие статьи русской Википедии. В ходе обсуждения статьи может быть принято решение о её номинации в избранные.

Правила обсуждения Вниманию обсуждающих От принимающих участие в обсуждении ожидается ответственность в своём выборе: перед голосованием прочитайте статью полностью. При обсуждении, пожалуйста, придерживайтесь следующих принципов: Вниманию номинаторов статей Процедура обсуждения Если вы считаете, что статья достойна статуса хорошей, нажмите надпись править справа от заголовка «За», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{За}}, поясните причины вашего решения, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{За}}. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. ~~~~   → 1. За. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. Пьер Безухов 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы считаете, что статья не достойна статуса хорошей, нажмите надпись править справа от заголовка «Против», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Против}}, укажите конкретные недочёты статьи, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Против}}. Тема раскрыта не полностью — статья нуждается в доработке. ~~~~   → 1. Против. Тема раскрыта не полностью — статья нуждается в доработке. Наташа Ростова 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы хотите прокомментировать статью или ход её обсуждения, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», проставьте под заголовком (или под комментарием предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Комментарий}}, введите текст вашего комментария, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Комментарий}} Хочу заметить, что... ~~~~   → 1. Комментарий: Хочу заметить, что... Поручик Ржевский 23:59, 31 декабря 2011 (UTC)

• Начинающим
• Сообщество
• Порталы
• Избранное
• Проекты
• Запросы
• Оценивание

В хорошие статьи

16 мая

17 мая

18 мая

19 мая

20 мая

21 мая

22 мая

23 мая

24 мая

25 мая

26 мая

27 мая

28 мая

29 мая

30 мая

31 мая

1 июня

2 июня

3 июня

4 июня

5 июня

6 июня

 | 

Секвенирование древней ДНК

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Данная статья посвящена замечательному биологическому способу "заглянуть в прошлое" и знаковым результатам его применения. Работа ранее выдвигалась на статус добротной (соответствующее обсуждение), но была рекомендована в хорошие. В рамках проекта «Биоинформатика» мы постарались доработать её. Процедуру выдвижения статьи осуществляем в перый раз, поэтому предварительно прошли этап рецензирования --Talianash (обс.) 22:10, 18 мая 2018 (UTC), Warrdeyl (обс.)

За

• За Спасибо, интересно.Ahasheni (обс.) 04:30, 26 мая 2018 (UTC)
• Статья соответствует статусу хорошей --Sirozha (обс.) 02:15, 15 июня 2018 (UTC)
• За --ЯцекJacek (обс.) 18:03, 21 июня 2018 (UTC)
• За. Замечания исправлены. Dantiras (обс.) 04:56, 22 июня 2018 (UTC)

Против

Комментарии

• Благодарим за помощь в доработке статьи! Мы постараемся в ближайшие дни исправить все указанные недочеты. --Talianash (обс.) 19:34, 21 мая 2018 (UTC)
• UPD: ответили на часть комментариев.

Комментарий: Я абсолютно не специалист, ни в ВП, ни в предмете статьи, но, по-моему, все-таки совет на рецензировании по сокращениям выполнен не полностью. Вводные слова статьи «Секвенирование древней ДНК (aDNA, дДНК)» уже непонятны: по-русски, дДНК это древняя ДНК или её секвенирование?; по-английски - во-первых, ожидалось бы указание на английский язык, и указание aDNA - это такое полное название на английском языке или сокращение какого-то полного названия, которое не приведено? Далее по тексту, я посмотрел, дДНК осталось два раза - может эти два раза убрать и его не вводить? То же самое для всех последующих сокращений, первое же из которых Полиэстеразная что-то-там (простите за дремучесть) дано в сокращении, сокращение в дальнейшем не используется, а викификация приведена на статью, в заглавии которой три слова даны полностью. Короче, ДНК, конечно, не нужно полный вариант слов приводить, но все остальные сокращения стоило бы хотя бы один раз привести полностью. Ahasheni (обс.) 00:37, 19 мая 2018 (UTC)

• Убрали сокращения дДНК, расшифровали сокращение ПЦР. Спасибо за комментарий! Сокращение в заголовке действительно было спорным, так как дДНК и aDNA - это сокращения словосочетания "древняя ДНК"/"ancient DNA", а не словосочетания "секвенирование древней ДНК", убрала. Заменила все "дДНК" на полный вариант. Правильно ли я понимаю, что следующее скоращение, которое вызвало вопросы, - это полимеразная цепная реакция (ПЦР)? Исправила, расшифровала сокращение при первом введении термина. Не совсем ясна ваша фраза "сокращение в дальнейшем не используется" - оно используется еще четыре раза в разделе "Технические сложности". --Talianash (обс.) 09:38, 19 мая 2018 (UTC)
  • Спасибо за внимание. Вопрос увидел, но быстро ответить не смогу ошибся, исправил. Ahasheni (обс.) 12:28, 19 мая 2018 (UTC)

Предлагаемый вариант начальных слов: Секвенирование древней ДНК — определение /расшифровка?/ нуклеотидной последовательности (секвенирование, от лат. sequentum — последовательность) применительно к ДНК, извлечённЫМ ... Ahasheni (обс.) 20:35, 19 мая 2018 (UTC)

• Сделано Отличный вариант начала. Что касается множественного числа, все однозначно разрешается вставкой слова "молекулы". Про термин "ДНК" я подробнее расписала ниже, отвечая на ваш комментарий касательно фрагмента "Оказалось, что большая часть ДНК в образцах имеет бактериальное или грибное происхождение...". --Talianash (обс.) 22:13, 23 мая 2018 (UTC)

При первом употреблении термина: митохондриальной ДНК (мтДНК) (с вики-ссылкой). При всех последующих: мтДНК (без вики-ссылки) Ahasheni (обс.) 20:46, 19 мая 2018 (UTC)

• Исправлено --Talianash (обс.) 22:13, 23 мая 2018 (UTC)

Может быть вместо «амплифицировать» использовать «амплифицировать (размножить)» или даже просто «размножить»? Ahasheni (обс.) 20:54, 19 мая 2018 (UTC)

• Нужно поставить вики-ссылку в первом случае на статью Амплификация (молекулярная биология) и необходимость в дальнейшей расшифровке термина уйдёт. Dantiras (обс.) 09:50, 20 мая 2018 (UTC)
  • Так лучше, но куда лучше было бы сделать такую викификацию ещё и в статье Полимеразная цепная реакция, которую цитируют Авторы. Я искал в Википедии слово «амплифицировать», первый по списку раз оно встречается в статье Полимеразная цепная реакция и поясняется как «амплифицировать (размножить)». Это же, как я понимаю, не просто статья, а часть проекта, и хотя бы в рамках этого проекта стоило бы добиться унификации.
    • Лучше, да (а ещё лучше все статьи написать хорошо и без огрехов, но это утопия). Но не о ней сейчас речь: полируем эту статью до блеска. Dantiras (обс.) 16:30, 20 мая 2018 (UTC)
      • Сделала вики-ссылку на статью Амплификация (молекулярная биология). --Talianash (обс.) 22:13, 23 мая 2018 (UTC)

квагги, подвида бурчелловой зебры, вымершего во второй половине XIX века=> вымершей во второй половине XIX века зебры квагги. Иначе подряд три непонятных слова идет: митоходриальной ДНК квагги. Если бы в том, что она именно бурчеллова, было что-то необычное, но вроде как нет. Ahasheni (обс.) 21:27, 19 мая 2018 (UTC)

• Кому непонятных, а кому и нет. Викификация есть? Кому непонятно сможет перейти по ссылке. В исправлении не нуждается. Dantiras (обс.) 09:52, 20 мая 2018 (UTC)
  • Рискну предложить другой вариант правки: «вымершей во второй половине XIX века зебры квагги». Ahasheni (обс.) 14:06, 20 мая 2018 (UTC)
    • Это хуже, т.к. видов зебр несколько. Квагга достаточно известное непарнокопытное, потому если и оставлять уточнение, то с указанием вида по полной форме,, без неоднозначной викификации. Dantiras (обс.) 16:30, 20 мая 2018 (UTC)
      • ...квагги, подвида Бурчелловой зебры. Это с моей стороны предложение, даже не критика: я слово квагга знал, но в этом контексте его не узнал и прочел так, что это квагги - это разновидность митохондриальной ДНК. Ahasheni (обс.) 16:48, 20 мая 2018 (UTC)
        • Вот это хороший вариант, без двусмысленности. Только бурчеллова со строчной буквы. Dantiras (обс.) 16:53, 20 мая 2018 (UTC)
          • Сделано Изменила на последний вариант. --Talianash (обс.) 22:13, 23 мая 2018 (UTC)

«Эти исследования использовали бактериальное клонирование для амплификации фрагментов ДНК» Судя по тому, что дальше встречается слово эндогенный, речь идёт не о квагге и мумиях вместе, а только о мумиях, тогда может быть лучше «Он исследовал» или «Последние исследования использовали»?

• Сделано Исправила, по смыслу действительно речь идет о мумиях, так как митохондриальная ДНК приводится в пример: "...фрагментов многокопийных локусов (например, мтДНК)...", а для квагги только ее и секвенировали. Термин "эндогенная" подходит как геномной, так и митохондриальной ДНК, если я правильно поняла, что вы имели в виду.--Talianash (обс.) 22:13, 23 мая 2018 (UTC)

«Оказалось, что большая часть ДНК в образцах имеет бактериальное или грибное происхождение, а поддающаяся амплификации эндогенная ДНК состоит в основном из коротких повреждённых фрагментов многокопийных локусов (например, мтДНК) и составляет малую часть исследованной ДНК.» Речь идёт об одной ДНК, часть которой имеет эндогенное, а часть бактериальное или грибное (или грибковое?) происхождение? Вроде написано именно так - потому что «исследованной» ДНК (в единственном числе). Или есть много ДНК бактерий и грибов и одна ДНК человека? Или, много разных фрагментов разных ДНК, из которых часть фрагментов к делу относятся, а часть нет? Далее: многокопийные локусы в википедии встречаются один раз - в Вашей статье. Есть статья локус, но в ней, во-первых, нет понятия «многокопийный» и, во-вторых, непонятно, как у локуса (который вроде как место) могут быть фрагменты. И нельзя ли чуть более понятно, скажем: «Оказалось, что лишь малая часть (фрагментов) ДНК имеют отношение к ДНК человека и является...Остальные же (фрагменты) ДНК имеют бактериальное или грибное происхождение)»? Ahasheni (обс.) 22:11, 19 мая 2018 (UTC)

• Дело в том, что под словом "ДНК" здесь понимается не одна молекула нуклеиновой кислоты, а совокупность молекул, относящихся к данному классу соединений. Поэтому на протяжении всей статьи это слово и используется в единственном числе. Это общепринятое применение данного термина, должно быть, вас смутила статья ДНК, где указано, что "Дезоксирибонуклеи́новая кислота́ (ДНК) — макромолекула (одна из трёх основных, две другие — РНК и белки)...". По поводу вашего следующего замечания, локус - это действительно место, но в контексте ДНК "место" - это несколько нуклеотидов, положение которых задается, скажем, номерами от начала генома. Если этих нуклеотидов десять штук, то у локуса вполне могут быть фрагменты: первые четыре или два последних нуклеотида, например. Слово "многокопийный" обозначает, что в геноме имеется много копий данного локуса, то есть несколько раз встречается точно такая же последовательность нуклеотидов. Надеюсь, я смогла ответить на ваши вопросы. --Talianash (обс.) 22:13, 23 мая 2018 (UTC)
  • Комментарий: многокопийных локусов (например, мтДНК)=> многокопийных локусов (то есть многократно встречающихся внутри данного генома, таких как мтДНК) ? Ahasheni (обс.) 04:27, 26 мая 2018 (UTC)

Если только Вы не надеетесь в ближайшее время написать 20-30 новых статей, то текст выглядел бы аккуратнее при замене типа =>RUNX2 Но это просто мнение - возможно, именно Ваш вариант является рекомендуемым.Ahasheni (обс.) 01:31, 20 мая 2018 (UTC)

• Принято использование любых шаблонов «не переведено» (Шаблон:нп, Шаблон:нп2, Шаблон:нп3, Шаблон:нп4, Шаблон:нп5 — по выбору автора статьи). Это делается для викификации отсутствующих на текущий момент статей в ру-вики (для отображения необходимых к созданию статей). Ваш вариант исключает такую возможность, и потому лучше его не использовать в статье-номинанте на статус ХС. Dantiras (обс.) 09:47, 20 мая 2018 (UTC)
• Этот метод требует наличия референсного генома. В первом приближении метод выглядит следующим образом. Чтения выравниваются на геном, после чего рассматриваются позиции, где встречаются, например, цитозин и тимин. Сравниваются две модели: одна предполагает, что замена цитозина на тимин произошла в результате посмертной деградации ДНК, вторая предполагает, что это полиморфизм или ошибка секвенирования. Модель выбирается по методу максимального правдоподобия. Выделить в виде отдельного примечания, а не как часть библиоссылки. Dantiras (обс.) 09:59, 20 мая 2018 (UTC)
  • Сделано --Talianash (обс.) 11:46, 2 июня 2018 (UTC)
• Многие археологические образцы, особенно найденные давно. Стиль. «Давно» это сколько? Если конкретные сроки неизвестны, то заменить это слово на более соответствующий научному стилю оборот.
  • Сделано --Talianash (обс.) 11:46, 2 июня 2018 (UTC)
• Необходимо расширить преамбулу (de facto аннотацию) к статье. Dantiras (обс.) 10:24, 20 мая 2018 (UTC)
  • Сделано Добавила предложение про контаминацию, расширила аннотацию к части про открытия --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
• От последней развилась отдельная отрасль науки — палеогенетика. Какое отношение это предложение имеет к предмету статьи? Отрасль выделилась ранее, а сабж стал её методом. Dantiras (обс.) 10:24, 20 мая 2018 (UTC)
  • Исправлено --Warrdeyl (обс.) 13:10, 12 июня 2018 (UTC)
• Особенно перспективным является анализ митохондриальной ДНК. По чьему мнению он является перспективным? Нужно указать конкретно с библиоссылками (лучше побольше). Dantiras (обс.) 10:24, 20 мая 2018 (UTC)
  • Исправлено Убрал отсебятину про перспективность. --Warrdeyl (обс.) 13:10, 12 июня 2018 (UTC)
• Значимый интерес вызывает древняя ДНК и в контексте палеоэпидемологии. 1. «Значимый интерес» чей? 2. Интерес вызывает-таки «секвенирование древней ДНК», а не она сама нерасшифрованная. Dantiras (обс.) 10:24, 20 мая 2018 (UTC)
  • Исправлено Перефразировал --Warrdeyl (обс.) 13:10, 12 июня 2018 (UTC)
• В ближайшие годы основное внимание будет уделяться обнаружению возможных вымерших инфекционных бактериальных штаммов, а также сопоставлению детектируемых по останкам симптомов болезни с современными знаниями о конкретном заболевании. ВП:НЕГУЩА. Переписать предложение с указанием того, кто именно так считает, и на какой промежуток времени этот прогноз распространяется. Dantiras (обс.) 10:24, 20 мая 2018 (UTC)
  • Исправлено Убрал отсебятину про прогнозы, это была неудачная формулировка. --Warrdeyl (обс.) 13:10, 12 июня 2018 (UTC)
• Раздел «Технические сложности» написан специфически — долгие общие слова, за которыми с трудом видятся сами сложности процесса секвенирования. Лучше акцентировать внимание на конкретике и подвергнуть раздел сокращению. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• Современные протоколы секвенирования древней ДНК учитывают. Вместо «современные» нужно указать какие именно. Вы же не собираетесь постоянно отслеживать качество этой статьи для выявления соответствия расплывчатому и быстро изменяющемуся «современному» внутри неё. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• Однако считается, что даже в идеальных условиях ДНК не может сохраняться на протяжении более 1 млн лет. Кем «считается»? Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• При исследовании древних образцов ДНК нельзя выделить ДНК органелл. Не «нельзя», а «по состоянию на 2018 год не были выделены образцы ДНК органелл». Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• Хорошим способом убедиться (и убедить научное сообщество) в истинности результатов является повторение исследования в другой лаборатории. ВП:НЕИНСТРУКЦИЯ. Удалить эту банальность (это общенаучный способ верификации данных). Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
  • Сделано --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
• Раздел назвается «Методы обработки древней ДНК». Почему, судя по тексту, метод представлен только один? Нужно показать, в чём именно проявляется вариативность манипуляций, и расширить раздел. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• В 90-е годы. В 1990-е. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
  • Сделано --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
• «Допотопной» (англ. antediluvian) была названа ДНК старше 1 миллиона лет. Название было предложено в 1993 году Томасом Линдалом (Tomas Lindahl) в обзоре в Nature. Вновь долгие ненужные вводные предложения. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• Общее замечание: нужно тщательнее викифицировать статью. Почему-то нет викиссылок на простое секвенирование, меловой период, белый медведь и прочие научные термины. Зато на мтДНК аж несколько раз на небольшую статью. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• из кости динозавра мелового периода. Можно уточнить какого именно. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• В то время сборки человеческого генома ещё не существовало. Оформить как примечание (например, как в этой статье), иначе сбивает с толку. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• из испанской Пещеры Костей. Дайте название этому месту по названию соответствующей викистатьи — Сьерра-де-Атапуэрка. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• Для лучшего образца 45,4 % фрагментов ДНК выравнивались на сборку генома слона. Для «лучшего из отобранных образцов». Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
  • Сделано --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
• В тексте статьи следует проверить правильность использования ВП:Тире. Часто путаете его с дефисом. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• На данный момент в европейской части Евразии найдено множество останков неандертальцев. Вновь никакого отношения данное предложение не имеет к предмету статьи. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
  • Удалено --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
• Интерес представляет ген RUNX2. Для кого представляет? Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• В разделе «Неандертальцы» ни один абзац не закрыт ссылками на источники информации. Проверить, чтобы ссылки закрывали каждый абзац во всей статье. Dantiras (обс.) 12:15, 20 мая 2018 (UTC)
• Анализ ядерной ДНК может прояснить картину. ВП:НЕГУЩА. Указать автора мнения и сроки проведения исследований (если известны). Dantiras (обс.) 12:38, 20 мая 2018 (UTC)
• Эти данные позволяют предполагать, что генотип древней чумной палочки . Автор теории? Dantiras (обс.) 12:38, 20 мая 2018 (UTC)
• вызвали Великий Картофельный Голод в Ирландии . Почему каждое слово с заглавной буквы? Даже в выражениях «Великая Отечественная война» и «Великая Октябрьская социалистическая революция» не пишутся все слова с большой буквы. Есть словарный источник на приведённый Вами вариант написания? Если нет, то пишите со строчной. Dantiras (обс.) 12:38, 20 мая 2018 (UTC)
  • Ирландский картофельный голод Ahasheni (обс.) 16:15, 20 мая 2018 (UTC)
    • Ну не с большой же буквы картофельный голод. =) Dantiras (обс.) 16:32, 20 мая 2018 (UTC)
      • советую использовать и викифицировать Ирландский картофельный голод вместо вызвавшего возражение выражения «Великий Картофельный Голод в Ирландии». Извините за чрезмерную краткость предыдущего комментария Ahasheni (обс.) 17:23, 20 мая 2018 (UTC)
        • Сделано --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
• Данная область находится на раннем этапе своего развития, однако в случае систематического создания биологических банков, подобные знания могут значительно способствовать ускоренному поиску противомикробных препаратов в ближайшем будущем, в случае возникновения эпидемий, вызванных родственными возбудителям. Вновь ВП:НЕГУЩА. Нужно указывать по чьему мнению это так. Dantiras (обс.) 12:38, 20 мая 2018 (UTC)

Денисовцы=>Денисовский человек или Денисовцы Ahasheni (обс.) 14:06, 20 мая 2018 (UTC)

• Не нужно. Там перенаправление на статью есть по прямой ссылке Денисовцы, а вариант названия внесён в преамбулу статьи. Dantiras (обс.) 16:32, 20 мая 2018 (UTC)
  • Денисовцы=>Денисовцы?? Ahasheni (обс.) 04:27, 26 мая 2018 (UTC)

Комментарий:

• Что означает P. e01676–14 в сноске 8?-- Зануда 04:26, 21 мая 2018 (UTC)
  • Это такая нумерация страниц в электронной версии журнала (встречал такую в химических изданиях). Авторам статьи рекомендую переоформить всю библиографию по шаблону Публикация, т.к. сейчас, во-первых, почему-то используется полужирное начертание в ряде ссылок (см. ВП:ЖИРНЫЙ), во-вторых — номера томов, выпусков и страниц оформлены произвольно (например, volume=vol. 111 no. 6 и volume= Vol. 38 (6)), в-третьих — имена авторов и названия изданий заданы то стандартным начертанием, то курсивом (см. ВП:КУРСИВ). Dantiras (обс.) 06:38, 21 мая 2018 (UTC)
    • про электронную нумерацию понятно. Добавлю, что неясен вопрос диапазона страниц. Допустимый диапазон, при котором не надо указывать конкретных страниц, кмк, 15.-- Зануда 07:35, 21 мая 2018 (UTC)
• Сноски 10, 16, 31 - нет страниц статьи в источнике. Или же конкретных страниц, на которые ссылка.-- Зануда 04:26, 21 мая 2018 (UTC)
  • Добавила страницы для 10 и 16, по поводу 31 (в текущей версии это 32 вроде): если статья опубликована онлайн, надо ли указывать страницы? --Talianash (обс.) 18:01, 12 июня 2018 (UTC)
    • Я стараюсь указать, если возможно. Любой способ локализации нужной инфы годится (Глава "название" или параграф "номер" итд). Если статья не поделена на разделы, то делать нечего- сойдёт так.-- Зануда 08:06, 15 июня 2018 (UTC)

Итог

Основные замечния исправлены, статус присвоен.--Victoria (обс.) 12:17, 25 июня 2018 (UTC)